Разрабатывался в восьми вариантах в ОКМО Опытного завода Спецмаштреста им. С. М. Кирова под руководством Н. В. Барыкова начиная с 1933 года на основе опыта проектирования тяжёлых танков ТГ-6,ТГ-11, Т-42 и танком итальянской фирмы «Ансальдо». Ведущий инженер — П. Н. Сячентов. Разработка прекращена с введением в строй танка Т-35, способного решать те же задачи, что и Т-39. Танк существовал только в виде чертежей и деревянных макетов в масштабе 1:10, сделанных на основе двух выбранных вариантов танка (№ 7 и № 8). Варианта танка отличались друг от друга схемой компоновки и установленным вооружением